2.4 精细分子对接

    利用AutoDock 4.2软件通过分子精细对接进一步研究小分子与靶标蛋白的相互作用，以与2型糖尿病相关的靶标为受体，以益气滋阴饮方剂中所含小分子化合物为配体，取靶标蛋白为“刚性”，小分子化合物为“柔性”，用“半柔性”对接方法。采用拉马克遗传算法，并结合半经验自由能的评价方法，改变配体分子在受体活性位点的位置、取向以及柔性键的方向，获得配体小分子与受体大分子的最佳结合方式。具体对接步骤如下：(1)选择合适的靶标蛋白与小分子作为受体与配体；(2)处理受体与优化配体；(3)计算格点能量生成glg文件；(4)构象搜索生成dlg结果文件；(5)分析对接结果[15]。然后利用“Dockings”中的“Show interaction”，显示受体与配体的平面及三维立体结构的相互作用信息。在结果分析中查看受体与配体对接所得的基本参数，包括键合自由能、抑制常数、分子间相互作用、氢键、π键、静电相互作用、疏水作用等。

    2.5 对接数据分析与图像处理

    将AutoDock 4.2软件的计算结果在Discovery Studio 2017软件中打开并分析，选出与每个受体蛋白中对接最优的配体小分子 ......